国立贵阳医学院非常重视学生管理工作，建校不久即建立了学籍管理制度，并制定了学业成绩考核规定、毕业试验办法等制度，并实施军事管理、导师制和公医制度。
　　学业成绩考核，学业成绩以100为限，60分及格；分为五等：甲等，80分以上者；乙等，70分以上者；丙等，60分以上者；丁等，50分以上者；戊等，不及50分者。学分是每学期每周1小时讲授课或2小时的实验课或临床实习，皆为1学分。其不足1学分者，按1学分计。学业成绩主要包含学科成绩、学期成绩、前期成绩、后期成绩、实习成绩；而毕业成绩是以前期成绩、后期成绩、毕业论文成绩及第6学年实习成绩各作三分之一计，作为毕业成绩。毕业成绩不及丙等者留级1年重新实习，并令交论文，如1年后其毕业成绩仍不及丙等者令其退学。贵阳医学院医科学生修毕5学年课程，经毕业测验及格，于第6学年实习期满成绩及格，并呈交论文一篇经审核及格，合计毕业成绩列入丙等以上，呈经教育部复核无异者，准予毕业，并依照学位授予法规定，授予医学学士学位。
　　1940年，贵阳医学院进行首届毕业试验，先由学校组织毕业试验委员会，委员由校内教授及校外教授担任。包括笔试和口试、临诊口试；笔试有分为内、外、妇产、公共卫生四学科，每科笔试2小时，命题由贵阳医学院毕业试验委员及校外委员分任，加试口试者，笔试成绩占总成绩三分之一，加试临诊口试者，笔试成绩占二分之一。口试、临诊口试由全体委员分任，公共卫生仅设口试，其余均设临诊口试，口试占总成绩的三分之一，临诊口试占二分之一。当时贵阳医学院附属医院尚未建立，临诊口试分别在红十字会及中央医院举行。如：在红十字会组中，内科由杨济时教授主持，外科由张承先教授主持，公共卫生由施正信教授主持。中央医院组里，内科由张孝蹇教授主持，外科由袁道教授、杨静波教授主持，公共卫生由朱季清、姚寻源教授主持。
　　贵阳医学院严格要求对学生学业成绩考核，在每年新生入学后，因成绩不及格而留级或退学者达到入学时人数二分之一以上。如：1946年招收医本科新生40名，到毕业时，该年级学生仅有9名，但9名学生中仍有4名学生是由上一级留到本级，真正由入学到毕业者仅有5名学生。同时，在学业考核方面注意培养学生自尊心，以诚实为无尚光荣，如考试中有时无人监考，一般无人舞弊，万一发现有人舞弊，处理是严重的，甚至开除学籍。
　　贵阳医学院首届毕业典礼于1940年2月2日晚在敬思楼举行，医本科第一届毕业生李耕田等26人，医士职业科毕业生第一届护士16人、助产士11人。参加典礼的人员有一定的服装规定，教师服装黑色或藏青色，男着中山装或西装，女着旗袍，医科毕业生着黑中山装，医士职业科毕业生着白色制服。
　　毕业典礼会场庄严隆重，校门扎松柏彩牌，对联为“毕业即始业祝诸君鹏程万里，新生继旧生看吾校异彩常留”。到会有省主席、教育部代表、教育厅长、大夏大学校长、湘雅医学院院长等来宾。毕业典礼在乐声中开始，先由院长致词，随后由医科毕业生与医职科毕业生分别宣读誓词，誓词为：“余本至诚宣誓:自兹为始，愿在医界服务，郭砾职业道德，慈济为怀，不炫名利，恪尊国法，勤求真理，效忠民族，造福人类，倘有背誓行为，愿受处分及社会制裁，谨誓。”宣誓完毕，颁发毕业证书，最后由院长给优秀毕业生颁发奖品。本届获奖毕业生：医本科计有李耕田、韩业传。医职科计有韩凤仪、孙明严、贺蟾娥、赵得英。典礼结束前举行“授光”仪式。第二届毕业典礼获奖毕业生有医本科第二届于本崇，第三届陈瑞昭。毕业论文获最优秀奖者有医本科第三届谢强哉，护士科第三届李屺荪，护士科第四届张月华，助产科第三届何淑英。
　　在学生生活管理上，由于国民党政府推行党化教育，加强对学生控制，强化军训制度，在训导处下设军事管理组、生活指导组。自1941年起医科一年级增设军训课。军训总成绩不及格者，留级一年。同时还举行升旗、降旗典礼和总理纪念周，会上院长必须亲临训话。1945年抗日战争胜利，大学军训废止，军事管理组改为课外活动组，生活指导组改为生活管理组。
　　1938年起，学校实行导师制和公医制度。导师及受导学生的分配于每学年开始后2周内由训导处公布，导师负责受导学生生活指导之责；学生操行成绩亦分别由负责导师评定。导师制一直到1949年停止。1940年秋起医科入学新生，一律享受公医学生待遇。1945年元月起废止公医制，改为公费待遇。
　　贵阳医学院建校初期因学生来自各战区，经济来源断绝，一律免收学费并分别核借贷金。1945年改为公费待遇后，学生享受公费约40﹪，半公费约占40﹪，自费学生约占20﹪。学生可以申请“中正”奖学金、“林森”奖学金和“扶轮社”奖学金，当时全国各省教育厅及各该省籍在贵阳医学院就读学生亦设有奖学金和救济金等名额。此外还有青年会工作救济金。
　　1940年，美国西雅图学生俱乐部开始给贵阳医学院捐赠部分学生助学金，1948年西雅图学生救济会又汇赠贵阳医学院清寒优秀学生助学金计1万2千美元。同年起贵阳医学院组织助学金委员会并募基金，将基金存放行庄，以每年利息补助清寒优秀学生。当时还有个人名义捐助助学金，如周玉、刘淑卿二先生捐助助学金等。