国立贵阳医学院附属医院创建于抗战时期的1941年，是西南地区创办较早的高等院校附属医院之一。建校之前，学生的教学实习、临床生产实习都有赖于贵州省立医院。1940年9月，经李宗恩院长、杨济时教授等人多方设法，开设了临时门诊部，为学生提供了临床实习的场所，同时解除了与省立医院的临床教学基地协议，为国立贵阳医学院附属医院的建立奠定了基础。临时门诊部成立一年后，1941年10月25日，由李宗恩、杨济时等筹集了部分资金，在条件极为简陋的情况下，于贵阳市阳明路两广会馆，由杨济时教授主持，正式成立了国立贵阳医学院附属医院。医院的行政领导实行院主任负责制，一般一年一换。首任院主任为杨济时，以后有杨静波、周裕德、刘震华、杨集祥等；最后一位院主任为张念安。医院设置了10张病床，住院部开始只设有内、外2个大病房。内科病房需兼收小儿科、神经科、皮肤科的病人；外科病房需兼收妇产科、牙科、眼耳鼻喉的病人。
　　国立贵阳医学院附属医院成立初期，由于贵阳地处大后方，云集了众多医学界精英，为推行各级医师聘任制，创造了良好的条件。内科李宗恩、杨济时、王季午、贾魁、张孝骞、吴执中、单传烈、刘谷荪、高学琴等；外科杨静波、周裕德、刘震华、沈克非、许殿乙、朱懋根等；妇产科杨崇瑞、李瑞林、宋乃忠、刘维德等；儿科高永恩、宋杰；眼耳鼻喉科的郭秉宽、邹子度，口腔科张舒鳞，神经科张俊卿，放射科杨济、石斯同等国内外著名专家均聚集于国立贵阳医学院附属医院麾下，可谓群英荟萃。加之国立贵阳医学院附属医院各项规章制度均参照北平协和医院有关规章制度制定，使得国立贵阳医学院附属医院成立之初，即形成了治学严谨、诊疗认真的良好风范。就当时的医疗水平来说，凡国内能解决的问题，这里都可以基本解决，所以，有被誉为“小协和”之称，享有较高的学术地位。
　　由于国立贵阳医学院附属医院成立于国难时期，办院经费匮乏，条件十分艰难。建院初期医疗设备只有几架显微镜和一台30毫安的X线机。但全院同仁以高度的敬业精神，艰苦奋斗。尽管医院的房屋、设备是如此的缺乏和简陋，办院的经费除原教育部拨给的一部分外，主要靠自己的业务收入；另外，还募捐了少量经费。总的说来，经济状况一直极为困难，大家艰苦创业，才使医院得到了逐步发展，病床由建院时的10张，到1943年以不断扩充至53张，内、外、妇产、小儿等科均有了专科病房，分设头、二、三等男女病房。门诊部设内、外、妇产、小儿、牙科、眼耳鼻喉、皮肤、神经等科，平均每天诊疗100余人次（含急诊）。
　　1944年因日寇侵犯黔南，医务人员大批离筑赴渝，仅有少数人留守医院，坚持门诊工作，同时开办临时难民治病收容所。据前辈回忆，当时贵阳流行斑疹伤寒和回归热，临时难民治病收容所，实则传染病隔离治疗所。战乱时期，附院医护人员以民众健康为重，置自身安危于不顾，为控制传染病的流行作出了值得纪念的贡献，当时治病收容所的工作由周裕德教授主持。据史料记载：“民国三十三年冬，日寇铁蹄踏入黔南，母校因紧急疏散被迫迁渝。校本部及附属医院全部财产由于本崇、罗克聪、夏彭春等同学留守保管。当时戎马倥偬，秩序混乱，诸同学保管得力，未蒙损失。”
　　至1945年8月下旬，大部分人员又陆续返筑回院，使医院迅速恢复并有所发展，增添了产房、妇产病房和婴儿室。各科相继有了一套比较完整的体制，各项医疗制度也较完善。至解放前夕，附院已有病房120张，职工200多人，院址在两广会馆的原基础上经过陆续的修缮和扩建，房屋总面积约1500平方米，是贵州省当时公、私立医院中病房较多、制度较严密的一个既担负教学又担负医疗的综合性医院。据史料称，由于抗日战争的胜利，曾一度出现过撤销贵阳医学院的倾向，国立贵阳医学院附属医院亦受到波及。原因来自部分教师受聘大城市、兼有军职的教师因复原而归故里或另谋高就，早期毕业留学院或附院工作的校友有的赴天津、杭州等地工作，有的赴美深造或就职。此事一直延续到1947年。1947年，朱懋根博士任学院院长后，采取“自力更生、共同护校”的措施，学生及医护员工“分头慰留尚未成行的教师们”。由于教职员工及医护员工的共同努力，终于稳定了人心，控制了局面，为国立贵阳医学院和附属医院求得了生存与发展的机会。
　　并且，国立贵阳医学院护理工作亦初具规模。解放时共有护士33人，实行护理部主任负责制，护理部主任由国立贵阳医学院高级护士学校校长管葆真兼任。护校的前身是国立贵阳医学院附设医事职业科，于1938年与学校同时成立，校址在贵阳市阳明路两广会馆。1940年改为国立贵阳医学院附设高级护士、助产职业学校，学制3年，管葆真任首届校长。1944年因日寇侵犯黔南，曾一度迁移重庆歌乐山，与中央护士学校及中央助产学校合作。1945年8月日本投降后又迁回贵阳。此时，管葆真调南京中国护士学会任职，由赵德英接任校长直至解放前夕。
　　1946年4月6日，举行了附院建院以来，有史可鉴的第一次院庆活动。会后学院李宗恩院长与全院医护员工合影留念。1947年4月6日，由时任国立贵阳医学院附属医院院主任的刘震华教授主持，举行了建院六周年庆典。据当时记载，“为使社会人士明了新医学进展及院内医疗工作实况起见，特全部开放展览，并备茶点柬请各界参观。车水马龙、盛极一时，颇得各界人士好评。”此前查阅史料，均无举行院庆记载。1941年至1945年，正值国难时期，抗日战争如火如荼，未举行院庆活动亦在情理之中。
　　1948年3月1日，国立贵阳医学院建院十周年暨附院建院七周年活动一并举行。由朱懋根院长主持，并报告学院及附院成立经过。史料记载，“众多来宾相继莅临，群贤毕至”。来宾在致辞中对附院倍加赞扬。会后，各界参观了国立贵阳医学院附属医院展览，给予一致好评。贵阳市各大报刊均报道了学院及附院院庆的情况，对附院开放展览给予高度评价，称附院为“新医师的摇篮”、“现代化的医院”、“贵州首屈一指的医院”等等。